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Aumentar tamaño del texto Disminuir tamaño del texto Partir el texto en columnas Ver como pdf 25-06-2011

La secuenciacin de 'Escherichia coli' demuestra "la importancia de la nueva filosofa de colaboracin basada en internet y en el software libre"

Agencia Dicyt
www.salamanca24horas


Dentro del curso Bioinformatics and network biology, que tiene lugar esta semana en el Centro de Investigacin del Cncer (CIC) de Salamanca, intervenio ayer Eduardo Pareja Tallo, cientfico de Era7 Information Technologies, una empresa de Granada que ha participado en el anlisis de los datos de la secuenciacin del genoma de la nueva cepa de la bacteria Escherichia coli, detectada recientemente en Alemania. En su opinin, la secuenciacin y anlisis de este genoma bacteriano en un tiempo rcord ha sido posible gracias a una nueva filosofa de colaboracin cientfica basada en internet y en el software libre.

"Estamos trabajando desde hace aos en la anotacin de genomas bacterianos como una de nuestras principales lneas de investigacin", ha explicado Eduardo Pareja en declaraciones a DiCYT (www.dicyt.com). En la actualidad, la secuenciacin de un genoma se puede realizar en pocos das gracias a las nuevas tecnologas de secuenciacin masiva. "Primero, se obtienen muchos trocitos de la secuencia; el siguiente paso es ensamblarlos con programas de ordenador, es decir, montar el puzle para obtener toda la secuencia; pero aun as lo que obtenemos es una simple lista de letras", explica. Para que finalmente esta informacin cobre sentido se procede a la anotacin, que consiste en "usar estrategias, software y procedimientos para colocar sobre esa lista de letras dnde estn los genes e identificar su funciones", seala.

Para realizar esta anotacin hay diversos mtodos. "Las tcnicas de secuenciacin han cambiado mucho y nosotros hemos desarrollado un mtodo especialmente adaptado a estas nuevas tecnologas de secuenciacin con resultados de bastante calidad", comenta. El software con el que trabaja Era7 Information Technologies es de fuente abierta, de manera que cualquiera puede descargarse este sistema de anotacin del genoma bacteriano y trabajar con l.

Precisamente, el uso de las nuevas tecnologas e internet posibilit que la empresa granadina pudiera sumarse hace pocos das a la tarea de analizar la nueva cepa de la bacteria E. coli, que ha causado varias muertes en Alemania.

"Estbamos presentando en Cambridge nuestro sistema de anotacin funcional de genoma bacteriano cuando el Beijing Genomics Institute consigui la primera versin de la secuencia del genoma y la puso a disposicin de la comunidad. Esto nos dio la oportunidad a todos de coger los datos y empezar a trabajar con ellos", afirma. Curiosamente, "nos enteramos por Twitter de que estaban disponibles los datos y probablemente fuimos los primeros del mundo que hicimos una anotacin de ese genoma", asegura Eduardo Pareja.

"Adems de tener la suerte de contar con un sistema muy bueno para analizar el genoma bacteriano, lo que nos permiti hacerlo rpido y con bastante calidad, hemos ayudado a organizar todo ese conocimiento en un repositorio, una experiencia muy interesante trabajando con datos muy buenos y el anlisis de esa informacin", coment.

En 20 das, los cientficos han logrado avances extraordinarios en torno a la nueva cepa de E. coli, porque "hay siete u ocho secuencias de genoma diferentes, diferentes ensamblajes, muchas anotaciones, conclusiones sobre resistencia a antibiticos, plsmidos, toxinas... Con modelos ms antiguos de publicacin esto sera mucho ms largo, as que esto nos ensea la importancia de la colaboracin cientfica rpida a travs de internet", afirma el experto.

Sin embargo, esto no quiere decir que haya que cambiar el sistema tradicional de publicaciones cientficas, basadas sobre todo en la revisin de expertos, seala, pero s "aadirle ciertos elementos que permiten compartir datos muy rpido", comenta. As, los cientficos podran ofrecer sus datos y sus anlisis de manera gratuita y libre en un "modelo de negocio nuevo que tiene xito y que no est basado en ocultar informacin".

A pesar de que esta manera de trabajar slo ha aflorado en casos urgentes como la epidemia de gripe A o la bacteria E. coli, Eduardo Pareja aboga por generalizar el sistema ya que toda investigacin puede ser importante.

Nuevo equipamiento en Salamanca

La base de todos estos trabajos est en las nuevas tecnologas de secuenciacin masiva, a las que se ha incorporado la Universidad de Salamanca con la adquisicin por parte de la Plataforma de Apoyo a la Investigacin Nucleus de un nuevo equipamiento presentado ayer mismo: Genome Sequencer FLX 454 Life Sciences de Roche Diagnostics S. L. En este sentido, Eduardo Pareja ha asegurado que "es muy importante que se difundan las nuevas tecnologas de secuenciacin, porque tienen un impacto enorme en investigacin y en la industria biotecnolgica, agricultura, ganadera y medicina".

Adems, ha destacado que gracias a estos avances tecnolgicos se ha abaratado la secuenciacin. "A finales de 2007 secuenciar 1.000.000 de nucletidos costaba 400 dlares y ahora 30 cntimos de dolar. Por lo tanto, ahora se puede tener un genoma bacteriano secuenciado y anotado en menos de una semana y por menos de 5.000 euros. Esto no se poda ni soar hace cuatro aos y tiene enormes aplicaciones", asegura.

http://www.salamanca24horas.com/local/49149-la-secuenciacion-de-escherichia-coli-demuestra-qla-importancia-de-la-investigacion-rapida-y-colaborativa-por-internet



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